O pentacampeão Marcos iniciou sua carreira no modesto Lençoense-SP da cidade de Lençóis Paulista, onde atuou nas categorias de base do clube até 1992, quando foi contratado pelo Palmeiras, e veio a se tornar atleta profissional. Antes mesmo de atuar no Verdão, o goleiro passou por três meses de empréstimo no Corinthians-SP, porém não foi registrado oficialmente. Um dos 23 jogadores da campanha vitoriosa na Copa do Mundo de 2002, Marcos celebra 45 anos de idade neste 4 de agosto,.
Em menos de três meses, Marcos se transformou de reserva do Palmeiras a principal astro da maior conquista do clube: a Copa Libertadores da América de 1999. O goleiro virou titular na quinta rodada da competição, quando o até então titular, Velloso, se contundiu. E não largou mais o posto de defensor da meta palmeirense.
Em 2002, foi o goleiro titular da Seleção Brasileira campeã da Copa do Mundo no Japão e na Coreia do Sul, sendo o único jogador da Seleção a não ser substituído em toda a competição pelo técnico Felipão. Seus reservas eram Dida e Rogério Ceni. Em confrontos disputados pela Seleção Brasileira no Mundial, Marcos sofreu apenas quatro gols. Foram três na primeira fase e apenas um contra a Inglaterra, nas fases decisivas da competição. No mesmo ano, foi eleito o terceiro melhor goleiro da Copa, ficando atrás de Oliver Kahn, goleiro alemão, vice-campeão da Copa e Rüstü Reçber, arqueiro turco, e o quarto melhor do Mundo.
Além do pentacampeonato com a Seleção, Marcos também esteve no elenco campeão da Copa das Confederações, em 2005. Contudo, foi reserva de Dida. Pelo Palmeiras, além da Libertadores de 99, conquistou, principalmente, o Brasileiro Série A de 1993 e 1994, e a Copa do Brasil de 1998, fora outros muitos títulos com a camisa verde e branca.
Beirando o fim de sua carreira, Marcos conviveu com uma série de lesões que o dificultaram a atuar pelo Verdão, como em 2011, que das 69 partidas que o Palmeiras realizou, o goleiro atuou em apenas 27. Chegava ali o fim da Era de São Marcos. Na reapresentação do elenco em 2012, após uma conversa com a diretoria, Marcos Roberto Silveira Reis anunciou que deixaria os gramados. Sua última partida foi no empate em 1 a 1 com o Avaí, em Florianópolis (SC), no dia 18 de setembro de 2011.
A CBF parabeniza o craque pelas conquistas com a Amarelinha e deseja sucesso e felicidades!